C’est le deuxième Pape du Concile Vatican II, qui avait été convoqué par saint Jean XXIII. Comme il le dira lui-même lors de l’ouverture de la 2ème session de ce Concile, les buts principaux de celui-ci seront : la « nature intime » de l’Église, « son renouveau », « l’unité des chrétiens », et « le dialogue de l’Église avec le monde contemporain ».
Parmi les nombreux documents qu’il rédigea pendant son Pontificat, une place particulière peut être donnée à une encyclique courageuse, compte-tenu du contexte de l’époque : Humanae Vitae. Ce texte sur le mariage et de la régulation des naissances confirme la doctrine de l’Église sur la contraception et l’avortement, mais fut mal reçu car il allait à l'encontre d'une opinion publique très largement favorable à un assouplissement de la doctrine catholique. Cette prise de position déclencha une profonde crise d'autorité dans l'Église. Mais 40 ans plus tard, le Pape Benoît XVI, à la suite aussi de saint Jean-Paul II confirmait l’enseignement officiel de l'Église catholique.
Ce qui reste surprenant et comme une confirmation de cette Encyclique, c’est le miracle qui a été retenu pour la béatification de Paul VI : dans les années 90, aux États-Unis, on avait diagnostiqué à un bébé encore dans le sein de sa mère une maladie qui aurait dû causer des troubles physiques et cérébraux. Les médecins conseillèrent à la mère d’avorter, mais elle refusa, et préféra prier le Pape Paul VI pour sauver son enfant. L’enfant naquit normalement, et l’on a attendu son adolescence pour admettre qu’en effet, aucun trouble physique ou cérébral n’avait été constaté…
« Nous devons toujours remercier le Seigneur. De quoi ? De nous avoir créés et de nous avoir fait être : Je Te remercie Seigneur, de m’avoir créé, de m’avoir donné l’existence, de m’avoir donné la vie, puis la vie surnaturelle qui s’est ajoutée à la vie naturelle, [je Te remercie] d’être chrétien… Souvenez-vous toujours : il faut remercier Dieu ! Il faut toujours Lui dire : Je Te remercie, je Te remercie, je Te remercie ! »
(Bienheureux Paul VI)